A protokoll-szabályoknak megfelelően zajlott a fogadás a Vatikánban: az államfő és a küldöttség a San Damaso udvarban elvonult a svájci gárdisták sorfala előtt, ezután a pápa négyszemközti magánkihallgatáson fogadta magánkönyvtárában a köztársasági elnököt, majd bemutatták a pápának az elnök feleségét és a delegáció többi tagját.
Az államfő a pápával és Angelo Sodano bíboros államtitkárral egyaránt tárgyalt. Mádl Ferenc megköszönte a katolikus egyházfőnek, hogy eddigi magyarországi útjain lelki és politikai támogatást nyújtott a magyar népnek. A magyar kormány és a magyar katolikus egyház egyetértésével meghívta a katolikus egyházfőt magyarországi lelkipásztori látogatásra.
A vatikáni megbeszéléseken elképzelhetőnek tartottak egy találkozót Magyarországon II. Alekszij moszkvai pátriárka és a katolikus egyházfő között.
Apor Vilmos szentté avatása ügyében Mádl Ferenc szerda este a Máltai Lovagrend nagymesterénél tett látogatást.
Mádl Ferenc köszönetet mondott azért, hogy a Vatikán létrehozta a kárpátaljai új egyházmegyét, amelynek most már püspöke is van. Háláját fejezte ki a Szentszék erőfeszítéseiért, amelyeket a magyar kisebbségek pasztorációs helyzetének javításáért tett. A vatikáni megbeszélésen szó volt az erdélyi egyházi ingatlanok kezeléséről is.