Obote, aki a kelet-afrikai ország Nagy-Britanniától való függetlenségi harcát vezette a hatvanas évek elején, két ízben állt Uganda élén. Először 1966 és 1971 között, másodszor pedig 1980 és 1985 között, s mindkét alkalommal katonai puccsal fosztották meg hatalmától.
1966-ban Obote az ország élethossziglanig tartó elnökévé nyilvánította magát, őt évvel később azonban megdöntötte őt a hadsereg akkori vezetője, Idi Amin, aki a kontinens egyik leghírhedtebb diktátorává vált.
Amikor azután az ugandai felkelők tanzániai támogatással Amint is elűzték a hatalomból, Obote az 1980-as választások megnyerésével ismét visszakerült az ország élére. 1985-ben azonban újólag a hadsereg fosztotta őt meg elnöki hatalmától. Ezt követően ismét száműzetésbe kényszerült, s az elmúlt húsz évben Zambiában élt.
Halála egy johannesburgi klinikán következett be, ahol régóta kezelték őt. A halál pontos okát nem közölték.