Nina Reisert 2006 szeptember harmadikán látták utoljára, keresése egy barátnőjének bejelentése után szeptember ötödikén indult el. Az asszony válófélben volt, ráadásul viszonyt ápolt Reiser egyik ismerősével, a nyolcszoros emberölésért azóta elítélt Sean Sturgeonnel. A programozó ellen szóló közvetett bizonyítékok rendkívül erősek voltak, nem tudott magyarázatot adni a kocsijában talált, felesége vérével szennyezett hálózsákra, vagy a rendőrségi nyomozásokról szóló frissen vásárolt szakirodalmakra sem.
A pert részleteibe menően követő Threat Level blog elemzése szerint Reiser ügye akkor került rossz vágányra, amikor a fejlesztő március harmadikán saját kezébe vette a védelmét. Reiser megpróbált ugyan magyarázatot szolgáltatni az ellene felhozott közvetett bizonyítékokra, ám azok a hihetetlenségtől a nevetségességesséig terjedtek, nem sikerült velük megnyerni a esküdteket. A védekezés szerint a Hondájának első ülését azért dobta ki, mert a kocsiban aludt, az autó belső terében pedig azért állt a víz, mert piszkos volt és kimosta.
Reiser elítélésével veszélybe került a szabad szoftveres körökben elismert Reiser5 fájlrendszer fejlesztése, amely a 2004-ben megjelent Reiser4-et váltaná le. Bár több forrás is megjegyezte, hogy egyes bűnözők folytathatták munkájukat a börtönben, nem tudni, mi lesz Reiser sorsa. A fejlesztő által vezetett Namesys egyik dolgozója még ezév januárjában azt nyilatkozta a CNetnek, hogy a cég már nem folytat keresedelmi tevékenységet.A Reiser által írt töredezettségmentesítésre nem szoruló, rendkívül biztonságos és gyors fájlrendszer jövőjének bizonytalanná válása érzékenyen érintheti a sok kisebb fájllal dolgozó szerverek üzemeltetőit. De kellemetlen helyzetbe kerülhet az Asus Eee gépekkel szállított Xandros Linux is.