A gyógyszerek és az élelmiszerek kölcsönhatásait ugyan általában nem szokták a használati útmutatókban vagy a csomagoláson feltüntetni, de a kávéról már bebizonyosodott, hogy megváltoztathatja bizonyos készítmények működését. A beszedett gyógyszerek hatását leginkább a kávéban lévő koffein befolyásolja, de más összetevők is szerepet játszanak a folyamatban.
Korábbi kutatások bizonyították, hogy legalább egy tucat gyógyszer - többek között antidepresszánsok, csontritkulás elleni készítmények, ösztrogénpótló és pajzsmirigyre ható szerek - hatását befolyásolhatja a kávéfogyasztás. Egy 2008-as kutatás eredménye szerint például azoknál, akik közvetlenül kávéivás előtt vagy után vették be levotiroxin (L-tiroxin) hatóanyagú pajzsmirigy-gyógyszerüket, 55 százalékkal csökkent a készítmény felszívódásának mértéke. Egy másik kutatás szerint a kávé akár 60 százalékkal is mérsékelheti az alendronát tartalmú csontritkulás-gyógyszerek hatását, valamint nőknél jelentősen csökkentheti az ösztrogénhormon szintjét.
Az is kiderült, hogy néhány gyógyszer kifejezetten fokozza a kávé és más koffeintartalmú italok hatását. Ebbe a csoportba tartoznak antidepresszánsok, antibiotikumok és fogamzásgátló tabletták, amelyek blokkolják a koffein lebontását segítő CYP1A2 enzimet, így a koffein a normálisnál jóval hosszabb ideig, akár négy órával tovább marad a szervezetben, és ez különféle mellékhatásokat (szívdobogás, nyugtalanság, álmatlanság, stb.) okozhat.