Nem lehet tudni, hogy pontosan mely területek tartoznak Magyarországon az uniós szabályok szerint védettnek számító területek közé. A környezetvédelmi tárca ugyanis nem határozta meg pontosan az elhelyezkedésüket. A minisztérium szerint csak az adminisztráció miatt késik a rendelet pontosítása, annak hiánya nem jelent veszélyt a hazai természetvédelmi területekre. A WWF viszont állítja: az uniós védett területekről szóló jogszabály használhatatlan, mivel csak általánosságokat tartalmaz

Jövő márciusban derül ki, hogy milyen területek tartoznak pontosan az EU ökológiai hálózatához, annak ellenére, hogy az uniós védelem alá tartozó területekről szóló Natura 2000 rendeletet már október elején kihirdette a kormány. A területek pontos térképi megjelölése és számítógépes nyilvántartása ugyanis csak jövőre készül el.

A Natura 2000 az európai jelentőségű védett területek hálózata, amelyet a tagországok az Unió madárvédelmi és élőhelyvédelmi irányelve alapján jelölnek ki. Magyarország esetében az ország területének közel 20 százaléka számít védettnek. A leginkább érintett területek: a Kiskunság, a Hortobágy, valamint Zemplén környéke.

A környezetvédők szerint késlekedés komoly problémát jelenthet: a természetvédelmi területen gazdálkodók ugyanis ennek hiányában nem tudják, hogy a védett területek határai meddig terjednek. Bozsó Brigitta, a WWF programvezetője szerint a hiányosságokért az októberi kormányrendelet a felelős, ami a gyakorlatban szinte használhatatlan. A jogszabály ugyanis pontos helyrajzi megnevezések nélkül csupán általánosságban sorolja fel a területeket, úgy mint Kis-Balaton, Duna ártere vagy Közép-Dráva vidéke.

Haraszthy László, a tárca helyettes államtitkára az [origo]-nak elmondta: a területek pontos megnevezése valóban késik. Ennek oka, hogy a helyrajzi azonosításon kívül a Natura 2000 területeket be akarják vezetni a mezőgazdasági parcella azonosító rendszerbe is, amihez pedig több hónap szükséges. Haraszthy szerint a késedelem nem jelent problémát, mivel a téli vegetációs időszakban a gazdálkodók nem végeznek olyan munkát, ami veszélyeztetné a természetvédelmi területeket.

A tárca korábban fél évet késett a Natura 2000 rendelet megalkotásával is, ami május helyett csak októberben született meg. A jogszabály megalkotását késleltetette, hogy a gazdálkodók több helyen is tiltakoztak a területkijelölések ellen. Bozsó Brigitta szerint a környezetvédelmi minisztériumnak a földművelésügyi és a gazdasági tárcával is meg kellett küzdenie, mivel a Natura 2000 közel duplájára duzzasztotta a hazai védett területek arányát. Ráadásul amíg Lengyelország például tíz éve hozzáfogott a területek kijelöléshez, Magyarország csak két évet szánt erre.