Gyengülhet a miniszterek jogköre a kormányfő irányítása alatt álló új testületek miatt. A fontosabb szakpolitikai kérdések, így az egészségügyi és az oktatási reform ügyében a döntéselőkészítést az Államreform Bizottság végzi. Hasonló feladata lesz az évente érkező ezermilliárd forint körüli uniós támogatások elköltésével a Fejlesztési Kabinetnek. Az új testületekre a kormányfő szerint azért van szükség, mert a miniszterek hajlamosak rövid távú politikai érdekeiket követni.

Gyurcsány Ferenc kormányfő szerint nincs semmi titokzatos a kormányon belül felálló, új hivatalok, az Államreform Bizottság és a Fejlesztési Kabinet körül, és nem kell tartani attól, hogy azok működése alkotmányos  kereteket feszeget. Internetes naplójában több mint egy hete azt ajánlotta a kétkedőknek, hogy ismerjék meg a szóban forgó hivatalok jogkörének pontos szabályzatát. A gond ezzel csak az, hogy ezek a dokumentumok azóta sem váltak nyilvánossá.

A miniszterelnök még június elején jelentette be, hogy a minisztériumok hatásköréből több feladat is kikerül, amelyek ellátására új intézményeket hoznak létre. A kormányprogramban szereplő, összes reform kidolgozásáért a 13 főből álló Államreform Bizottság a felelős, amelynek az elnöke Gyurcsány lesz. A feladatokat a kétéves időtartamra kormánybiztossá kinevezett Draskovics Tibor, korábbi pénzügyminiszter koordinálja majd. A kormány tervei szerint minden szakpolitikával kapcsolatos, fontosabb döntés itt születik majd. 

Ugyancsak külön testület felel majd az évente lehívható, ezermilliárd forintnyi uniós fejlesztési pénz elköltéséért. A várhatóan hét tagú Fejlesztési Kabinet vezetője Gyurcsány lesz, az operatív feladatokat azonban a Wallis Rt. egykori vezetője, Bajnai Gordon látja majd el.

Az ugyancsak kormánybiztosként tevékenykedő Bajnai, korábban annak az 1988 novemberében megalakult, a KISZ megújulását sürgető, Unió a Demokratikus Szocializmusért nevű ifjúsági szövetségnek volt az elnöke, amelynek tagja volt többek között Gyurcsány Ferenc kormányfő és Szilvásy György kancelláriaminiszter is. A miniszterelnökkel  való jó viszonyát bizonyítja az is, hogy Bajnai volt az, aki Kóka János gazdasági minisztert Gyurcsány Ferenc figyelmébe ajánlotta.

Kikerülnek a tárcáktól az olyan háttértevékenységek is, mint a dolgozók fizetésével kapcsolatos ügyek intézése, vagy a gépkocsipark kezelése. Mindezeket a Kormányzati Szolgáltató Központ intézi a jövőben, amelynek vezetője, a jelenleg még Argentínában tartózkodó, Szetey Gábor lesz, akire a dohánytermékeiről ismert, Philip Morris személyzeti főnökeként figyeltek fel. A második Gyurcsány-kormányban így a minisztériumok csak igazgatási funkciókat látnak majd el.

Gyurcsány Ferenc blogjában az új testületek felállítását azzal magyarázta, hogy a kormányban valóban pártpolitikusokra - Hiller István, a párt elnöke oktatási, Szekeres Imre elnök-helyettes pedig honvédelmi miniszter lett - van szükség, a döntések parlamenti elfogadtatása miatt. A kormányfő szerint azonban a rövid távú politikai érdekeket csak úgy lehet ellensúlyozni, ha olyan testületeket hoznak létre, amelyek a politika világán kívülről hozzák a tapasztalatokat.

Sárközy Tamás, a közigazgatási reformért felelős, volt kormánybiztos nem kívánta kommentálni az [origo]-nak az új kormányzati struktúrát. Mindössze annyit mondott, hogy mivel a testületek pontos működését jogszabály még nem rögzíti, azokról egyelőre nem lehet pontos képet alkotni.

A Fidesz és a KDNP intézménydzsungelnek nevezte a létrejövő testületeket, az ellenzéki pártok azt kifogásolták, hogy az új intézményekkel csorbul a miniszterek jogköre, ráadásul azok felett, annak ellenére nem tud ellenőrzést gyakorolni az Országgyűlés, hogy várhatóan ezek lesznek a döntéshozás súlypontjai. Gyurcsány szerint viszont az új intézmények nem lépnek túl az alkotmányos kereteken, a döntéseket továbbra is a kormány hozza, ami pedig felelős a parlamentnek.