Felháborította a Vatikánt, hogy a II. János Pál pápával találkozó Gyurcsány Ferenc miniszterelnök a magyar papok politikai szerepvállalása miatt panaszkodott - derül ki a WikiLeaks által kiszivárogtatott amerikai nagykövetségi táviratokból. A táviratok szerint a Vatikánt aggasztották a magyar III/III-as akták, mert attól tartott a Szentszék, hogy árthat az egyház megítélésének, ha kiderül, hogy befolyásos tagjai ügynökök voltak.

"Figyelemre méltó" - így jellemezte az USA vatikáni nagykövetségének a magyar kormány bizonyos intézkedései miatt az egyház és a kormány között kialakult feszültséget Michael Banach püspök, a közép-kelet-európai ügyek vatikáni illetékese egy Wikileaks által kiszivárgott, 2005 februári keltezésű, bizalmas (confidential) besorolású távirat szerint. Banach szerint "enyhe, de létező feszültség" volt tapintható a magyar kormány és a Szentszék között.

Ennek okaként elsősorban az egyházak hitéleti és közcélú tevékenységének anyagi feltételeiről szóló 1997. évi CXXIV. törvénynek szerintük ellentmondó kormányzati intézkedéseket említette, így a katolikus iskolák állami támogatásának csökkentését, a vatikáni szerződés eltérő értelmezését, illetve más kormányzati támogatások csökkentését.

A táviratból kiderült, hogy a Vatikánnak nem tetszett az sem, hogy Gyurcsány Ferenc miniszterelnök 2004. december 18-i Vatikánban tett látogatása után sem a találkozót követő nyilatkozatában, sem sajtóközleményében nem említette meg a pápa üdvözlő beszédében szereplő, a magyar-vatikáni egyezményeket, illetve Magyarország jövőbeli uniós szerepére vonatkozó, "gondosan megválogatott megjegyzéseket". Ugyancsak nehezményezték, hogy a miniszterelnök kritikusan beszélt a magyar egyház politikai szerepéről.

Annak idején a magyar katolikus egyház is nehezményezte, hogy Gyurcsány a pápánál panaszkodott a papok állítólagos politikai szerepvállalása miatt, és hallgatott arról, hogy erre milyen választ kapott II. János Páltól. A vitában a Vatikán is kiállt a magyar püspökök mellett.

Banach a távirat szerint aggodalmát fejezte ki a III/III-as akták esetleges nyilvánosságra hozása miatt is, mivel attól tartott, hogy rossz hatással lehet az egyházra, ha kiderül, hogy magas rangú tagjai között is voltak ügynökök. Örömmel nyugtázta ugyanakkor, hogy a magyar kormány egy, az emberkereskedelem ellen szóló ökumenikus nyilatkozat kiadását kezdeményezte.