Sampaoli a rosariói Newell's Old Boysnál kezdett futballozni, de egy kettős lábtörés 19 évesen véget vetett a karrierjének. Sokáig pénztárnokként dolgozott egy kereskedelmi bankban, mielőtt 1994-ben elvállalta az argentin amatőr ligában szereplő Aprendices Casildenses irányítását. A közös munka nem tartott sokáig, a távozása után Sampaoli a Belgrano de Arequito csapához került, amellyel
1996-ban megnyerte az amatőr bajnokságot.
Ez a szezon hozta meg számára a hírnevet, miután a rosariói La Capital újságban megjelent róla egy fotó, amelyen a fák tövéből ad instrukciókat a játékosainak, miután a játékvezető elküldte a kispadról.
A képnek akkora sikere lett, hogy a Newell's elnöke azonnal kinevezte Sampaolit a tartalékcsapat élére.
Amikor 1998-ban Marcelo Bielsa lett az argentinok szövetségi kapitánya, Sampaoli képes volt több száz kilométert utazni, hogy lássa, hogyan tart edzést Bielsa. A kétezres években a saját költségén Európába repült, hogy spanyol, holland és olasz edzésmódszereket figyeljen meg. A pénzszűkében lévő Sampaoli sokszor az utcán éjszakázott.
Az áttörés 2002-ben jött el, amikor megkapta az első profi edzői munkáját a perui Juan Aurich csapatánál. Úgy tűnt, hogy győzelemmel mutatkozik be, de az utolsó percekben 1–0-s előnyről kikapott a csapata. A nyolcadik vereség után elküldték, de Sampaoli így is felkerült a futballtérképre.
Dolgozott Ecuadorban, Chilében és Peruban, mielőtt 2011-ben elvállalta az Universidad de Chile irányítását. Sampaoli megnyerte az Apertura és a Clausura bajnokságot, valamint a Copa Sudamericanát is, utóbbit veretlenül, 21–2-es gólkülönbséggel.
Sampaoli az idealista Bielsától ellesett taktikát alkalmazta.
Az egész pályás letámadással, az ellenfél térfelén megszerzett labdákkal és a háromszöges játékszituációk állandó keresésével megreformálta a chilei klub identitását. Bielsához hasonlóan Sampaoli is rengeteg időt töltött elemzéssel, a számítógépes programok segítségével játékszituációkat tervezett, és a csapat letámadását is precízebbé tette.
Az edzésekre már reggel fél 8 előtt megérkezett, és csak este 9-kor ment haza.
2012-ben vette át a chilei válogatottat, amely akkor a hatodik volt a világbajnoki selejtezőcsoportban.
Sampaolival Chile az utolsó hat meccséből ötöt megnyert, és automatikusan kvalifikálta magát a 2014-es világbajnokságra.
A vb-csoportkörben megverte és kiejtette a címvédő spanyolokat, és csak a házigazda braziloktól kapott ki a nyolcaddöntőben.
2015-ben Chile a története során először nyerte meg a Copa Américát,
Sampaoli pedig az év végi FIFA Év edzője szavazáson bekerült a legjobb három közé,
Pep Guardiola (Bayern München) és Luis Enrique (Barcelona) mellett.
Annak ellenére, hogy Sampaoli a totális futball híve, pragmatikus edző. A csapataival általában a labdabirtoklásra törekszik, de az eredmény érdekében hajlandó feladni az elveit.
„Egyik éjjel elmentem egy bárba, ahol megismerkedtem egy lánnyal. Egész éjjel beszélgettünk. Nevettünk, flörtöltünk, és fizettem az italait.
Reggel öt óra körül odajött egy srác, megfogta a lányt, bevitte a mosdóba, ahol szeretkeztek, majd együtt távoztak. Nem számított, mert aznap éjjel én töltöttem több időt vele"
– mesélte Sampaoli a labdabirtoklás fontosságára utalva.
Sampaoli 2016 nyarán érkezett a Sevillához, ez az első európai munkája. Augusztusban az európai és a spanyol Szuperkupát is elveszítette, előbbit a Real Madriddal, utóbbit a Barcelonával szemben. A spanyol bajnokságban egy 6–4-es győzelemmel mutatkozott be az Espanyol ellen.
„Látványt és szórakozást akarunk nyújtani az embereknek" – mondta Sampaoli a meccs után. Mindkettőből bőven kijut a Sevilla szurkolóinak. A csapat 46 gólt lőtt, és 28-at kapott 23 meccsen, de a fordulatos és drámai játék egyébként is jellemző a Sevillára.
Ha a meccseket már a 85. percben lefújnák, a Sevillának 13 ponttal kevesebbje lenne, és csak a hetedik helyen állna a bajnokságban.
A Real Madrid elleni hazai bajnokin úgy tűnt, hogy a Sevilla végleg kiszáll a bajnoki versenyfutásból. A 85. percig vezetett a Real, és úgy volt hétpontos előnye a tabellán, hogy egy meccsel kevesebbet játszott. A Sevilla azonban az utolsó öt percben megfordította a meccset, újra nyílttá tette a bajnokságot, és véget vetett a Real 40 meccsen át tartó veretlenségi sorozatának.
A Sevilla az őszi szezont 42 ponttal a második helyen zárta (ez a legjobb őszi teljesítmény a klub történetében), a Bajnokok Ligájában pedig a Juventus mögött a második helyen jutott a nyolcaddöntőbe, ahol az angol bajnok Leicester City az ellenfele.
Sampaoli ráadásul egy negatív sorozatnak is véget vetett: a Leganés elleni 3–2-es győzelemmel a Sevilla 511 nap után nyert újra idegenben a bajnokságban. Sampaoli segítője az a Juan Manuel Lillo, akit Pep Guardiola a világ egyik legnagyobb tudású edzőjének nevezett. Nem véletlen az sem, hogy a Sevilla játékát a Barcelonáéhoz hasonlítják. Mint ahogy az sem, hogy saját bevallása szerint maga Guardiola is sokat tanult Marcelo Bielsától.
A Sevilla átlagban 57%-ban birtokolja a labdát, és 82%-os passzpontossággal játszik. A keret mélységét és minőségét mutatja, hogy az idei szezonban már 27 játékos kapott lehetőséget, és közülük 16-an rúgtak gólt.
A jelenlegi hírek arról szólnak, hogy nyáron Sampaoli válthatja Luis Enriquét a Barcelona kispadján. Sampaoli amellett, hogy hasonló focit játszat a Sevillával, mint amilyet a Barca is, kifejezetten jó viszonyt ápol Messivel, akit a szezon közben már többször is dicsért.
„Messit edzeni, és nap mint nap testközelből figyelni egy álom lenne" – mondta Sampaoli, aki már korábban is bókolt a játékosnak:
Két Aranylabdát kellene kiosztani. Egyet Messinek és egyet a többieknek.
Mivel magasan a többiek felett áll, hiba lenne őt összehasonlítani bárkivel is."
Sampaolit 2018-ig köti a szerződése Sevillába, de egyes online fogadóirodák szerint El Hombrecito (A kis ember – ahogy Argentínában nevezik) a legesélyesebb a Barca vezetőedzői posztjára.
Szerda este a Sevilla hazai pályán játssza a Leicester Cityvel a BL-nyolcaddöntő első meccsét.
