Eto'o a kameruni Kadji Sports csapatában kezdte el a profi pályafutását, majd 17 évesen leigazolta a Real Madrid. A spanyol fővárosban nem tudott megragadni, többször szerepelt kölcsönben, 2000-ben a Mallorca csapata igazolta le.
Négy évvel később a Barcelona szerződtette, ahol a legsikeresebb éveit töltötte, 199 mérkőzésen 130 gólt szerzett, és két alkalommal nyerte meg a Bajnokok Ligáját.
A katalánoknál eltöltött öt sikeres év után José Mourinho kérésére igazolta le Eto'ót az Inter és a milánói kék-feketékkel ismét BL-győzelemnek örülhetett a kameruni.
A pályafutása végén Eto'o megfordult az Anzsi Mahacskalában, a Sampdoriánál, a Chelseanél, az Evertonnál és Törökországban is. 38 évesen döntött a végleges visszavonulás mellett.