A Földközi-tenger kelet-nyugati irányban mintegy 4000 kilométer hosszan nyúlik el Eurázsia és Afrika között.
A 2 966 000 km2 kiterjedésű medence szerkezetét tekintve két nagyobb egységre,
az olasz csizmától, az Appennini-félszigettől nyugatra fekvő Alborán-Tirrén, illetve az ettől keletre, az ázsiai partvidékig húzódó Keleti-, vagy Levantei-nagymedencére tagolódik.
Amíg a nyugati medence tektonikus eredetű, úgynevezett ingressziós süllyedék, amelynek aljzatát többnyire kiterjedt fenéksíkságok jellemzik, addig vele szemben a Levantei-medencét sokkal változatosabb, hektikus felépítésű aljzat jellemzi.
A szerkezeti eltérés a nyugati és a keleti nagymedence eredettörténetére vezethető vissza;
utóbbi az egykor oly hatalmas, de Afrika és az indiai szubkontinens északra nyomulása és az eurázsiai lemezzel történt ütközése miatt mintegy 17 millió évvel ezelőtt végleg bezáródott ősi egyenlítői óceán, a Tethys maradványának tekinthető.
A Levantei-nagymedencében találhatóak a Földközi-tenger legnagyobb mélységei. Az ehhez a szerkezeti egységhez tartozó, 616 00 km2 kiterjedésű Jón-tenger a mediterráneum legmélyebb medencéje,
amelynek középső részén a vízmélység eléri a 4000 métert.
(A Földközi-tenger átlagmélysége mindössze 1500 méter, szemben a világóceán 3800-3900 méteres átlagmélységével.)
Az Egyiptom és Kréta, illetve a Peloponnészosz-félsziget által határolt területen találhatók a Földközi-tenger legnagyobb mélységei, így az 5 237 méter mély Calypso-árok is.
Ott, ahol a radarernyőn utoljára látszódott az MS-804-es járat, a tenger igen mély, mivel ez a terület még a sekély afrikai self (kontinentális küszöb) előtt található.
Azt feltételezve, hogy az EgyptAir utasszállítója a radarképen utoljára látott ponton semmisült meg és zuhant a tengerbe, az elsüllyedt roncsmaradványok felkutatásánál
igen jelentős, 1500 és 3000 méter közötti vízmélységgel kell kalkulálni a kutatás során.
Egyiptom Földközi-tengeri partszakasza lapos, monoton, enyhén lejtő, úgynevezett neutrális partszakasz. A rendkívül kis lejtőszögben mélyülő, viszonylag sekély self területet vastag, a Nílus által lerakott üledékréteg borítja.
Viszont ott, ahol a parttól 80-140 kilométer távolságra a kontinentális küszöb véget ér, két jelentős mélyedés található;
az egyik a Plinius-árok, amelynek 4 834 méteren van a legmélyebb pontja,
a másik pedig a nem sokkal sekélyebb, 3720 méter mély Strabón-árok. Ez a két, az egyiptomi kontinentális küszöbbel párhuzamosan futó hasadék egykori óceáni árokmaradvány, amely a Tethys bezáródásakor, a kontinentális és az óceáni lemez ütközésekor (szubdukciója során) mélyült ki ugyanúgy, mint napjainkban a Csendes-óceán nyugati ívén lévő, az Aleut-szigetektől Új-Zélandig húzódó mélytengeri árokrendszer.
Annak ellenére, hogy a Nílus hordaléka már részben feltöltötte ezt a két egykori óceáni árokmaradványt, az itt tapasztalható hektikusan változó, ám nagy mélységek miatt a roncsok felkutatása
csak és kizárólag speciális, távvezérlésű mélytengeri robotkamerák (ROV) igénybevételével lesz megoldható.
E két mélyedéstől északra egészen Krétáig, a rendkívül összetett, gyűrt karbonátos rétegekből álló Földközi-tengeri hátság található.
Annak ellenére, hogy a Földközi-tenger aljzatát részben ősi óceáni kéregdarabok építik fel,
maga a tenger lemeztektonikai értelemben mégsem tekinthető óceánnak,
hiszen az aljzatát vastag karbonátos üledék, nem pedig vulkanikus eredetű, sűrű és vékony óceáni bazaltkéreg építi fel.
A Földközi-tengerben nincsenek vulkanikusan aktív, óceáni kérget „termelő” hátságrendszerek sem, így viszonylag nagy mérete ellenére a mediterrán tenger – ellentétben a jóval kisebb Vörös-tengernél – nem tekinthető óceánnak, hanem csak egy tektonikai süllyedéknek, a világóceántól erősen leszeparálódott ingressziós tengernek.
A Malaysia Airlines 2014. március 8-án az Indiai-óceán déli térsége felett eltűnt MH-370-es járatával ellentétben, a baleset okának feltárásához nélkülözhetetlen repülési adatrögzítők (az úgynevezett feketedobozok) felkutatása jóval kisebb problémát jelent az egyiptomi Airbus, mint az előző és a repüléstörténet máig legtitokzatosabb gépeltűnése esetében.
Ennek nemcsak az az oka, hogy a maláj gép vélelmezett eltűnési körzetében jóval nagyobb vízmélységek találhatók, hanem a Földközi-tenger mélységi (bathymetrikus) és fenékszerkezeti (morfológiai) viszonyai
szinte tökéletesen feltérképezettek,
szemben az Indiai-óceán délkeleti medencealjzatával.
Mindenesetre, az egyiptomi gép maradványai is olyan jelentős vízmélységbe zuhanhattak, ami kizárja búvárok bevetését a kutatási munkákba. A roncsok felderítése oceanográfiai kutatóeszközökre, mélymerülésű kutatórobotokra vár.