1619 szeptemberében a török hűbéres és nem mellesleg református Erdély Bethlen Gábor fejedelemsége alatt hadjáratot indított a Habsburgok uralta Magyarország - Felső-Magyarország, Felvidék - ellen. Bethlen célja az ország egyesítése volt, ezért is kapcsolódott be az 1618-ban kitört harmincéves háborúba.
Mivel a katolikus Habsburgok erőszakos valláspolitikát folytattak, és a protestáns többségű Felvidéknek elege volt ebből, az erdélyi fejedelem tervének komoly esélye volt.
Ebben az időben Magyarországot nemcsak a Habsburg és törökellenes harcok sújtották, hanem súlyos vallási ellentétek is megosztották, ami sok esetben véres, kegyetlen atrocitásokhoz vezetett. Ennek vált áldozatává a három jezsuita szerzetes.
Amikor 1619-ben II. Ferdinánd német-római császár és magyar király (ezenkívül Ausztria uralkodó főhercege és Csehország királya) ellen fellázadt cseh, morva, sziléziai és ausztriai protestánsok szövetkeztek a magyar elégedetlenekkel, megnyerték maguknak Bethlen Gábor erdélyi fejedelmet, aki maga is protestáns volt, ráadásul szerette volna elfoglalni Magyarország trónját.
Bethlen össze is gyűjtött egy 40 ezer fős sereget, amit 1619. augusztus 24-én Magyarország ellen indított
a kálvinisták nagy örömére, és a katolikusok rémületére. Különösen Kassa városa örült, a városi tanács követeket küldött a sereget vezénylő Rákóczi Györgyhöz, hogy siessen, mert várják, és átadják neki a várost.
A Bocskay-féle felkelés idején Kassán a kálvinisták kerültek hatalomra, így Kassa kálvinista várossá lett, katolikus hívők csak párszázan lakták, zömében a királyi őrség, akiknek saját lelkipásztoruk és templomuk nem volt, mivel azokat a kálvinisták elfoglalták.
Dóczy András Kassa és Felső-Magyarország királyi főparancsnoka szerzett két jezsuita misszionáriust:
Pongrácz Istvánt a magyar, Grodeczky Menyhért atyát pedig a szláv, valamint a német ajkúaknak, és számukra a királyi kúrián lakást adott, és egy termet rendezett be kápolnának.
Amikor Kőrösi Márk esztergomi kanonok Pázmány Péter esztergomi érsek megbízásából a gondjaira bízott és az esztergomi főkáptalan tulajdonában lévő széplaki apátsági javadalmakat meglátogatta, hivatalos útja Kassára vitte, ahol összebarátkozott Pongrácz és Grodeczky atyával, akiknek segítséget nyújtott hitéleti munkájukhoz.
Értesülvén, hogy Rákóczi seregei Kassára tartanak, Széplakról nyomban Kassára sietett, hogy segítse a katolikus híveket.
Amikor Rákóczi hajdúi Kassához közeledtek, sok katolikus igyekezett elmenekülni a városból, de a három jezsuita pap kitartott, amit Kassa protestáns vezetői provokációnak tekintettek és halálra ítéltették a hitük mellett kitartó szerzeteseket.
Rákóczi 1619. szeptember 3-án ért hajdúival Kassa falai alá, és Dóczy kiadatását, valamint a város meghódolását követelte. A királyi főparancsnok próbálta rávenni a várost, hogy maradjon hű a királyhoz, de hiába. Dóczy András a császári főkapitány kevés katonája miatt kilátástalannak látta a harcot, ezért megegyezett a támadókkal.
A szeptember 4-én megkötött szerződésben Dóczy vállalta, hogy átadja Kassát, de azzal a kikötéssel, hogy senkinek nem esik bántódása, sem a katolikus híveknek, sem pedig a katolikus papoknak.
Bethlen csapatai megszállták Kassát, de nem tartották be a szerződést.
Rákóczi, miután szeptember 5-én kardcsapás nélkül bevonult Kassára, Dóczyt bilincsbe verette, és Bethlenhez küldte Erdélybe, aki börtönbe vetette őt. Az összes katolikus papot házi őrizetbe vették, és Rákóczi meghagyta, hogy a három jezsuitát különösen szigorúan őrizzék.
Rákóczi hajdúi a Dóczyval megkötött megállapodást felrúgva, barbár módon bántak a katolikusokkal. Bár a városi tanács kérte Rákóczit, hogy azonnal végeztesse ki a papokat, ám a fővezér előbb rá akarta bírni őket a kálvinista hitre való áttérésre rábeszéléssel, ígéretekkel, fenyegetéssel, majd pedig kínzásokkal.
Rákóczi megbízott néhány hajdút, hogy fosszák ki és fenyegessék meg őket halállal, ha át nem térnek. A fenyegetés azonban nem hatott, ami miatt Rákóczi még aznap egy újabb csoport hajdút küldött hozzájuk azzal a meghagyással, hogy első lépésként kínozzák meg a három szerzetest, majd ha ennek ellenére sem hajlandók áttérni, akkor pedig koncolják fel őket.
A hajdúk kegyetlenül megkínozták a három papot – megkötözték, buzogánnyal ütötték, karddal vagdalták, földre sújtották, megcsonkították, és fáklyákkal égették őket -
de ők kitartottak katolikus hitük mellett.
Miután Kőrösit és Grodeczkyt brutálisan megkínozták, majd lefejezték és a holttesteiket az emésztőgödörbe vetették, visszatértek Pongráczhoz, hogy folytassák kínzását, majd őt is - még élve - bedobták az emésztőgödörbe, szemetet és egy rozoga falat borítva rá.
Eperjessy István sekrestyés vallomása szerint Rákóczi először Kőrösit akarta megtörni, előkelő küldöttséget küldve hozzá azt ígérve, hogy ha Bethlenhez pártol, és megtagadja katolikus hitét, valamint áttér a kálvinizmusra, visszakapja a szabadságát, valamint megkapja a széplaki apátság birtokait is.
A jelenetnek Pongrácz is szemtanúja volt.
Kassai azonban visszautasította az ajánlatot,
és azt üzente Rákóczinak, inkább meghal, mint hogy hitét és lelkét a pokolra vesse az elhajlással. Azt is hozzátette ehhez, hogy vannak az esztergomi káptalanban, akik számára gyönyörűség Istenért meghalni, és akiknek szokása, hogy nagy dolgokat cselekedjenek és szenvedjenek el.
Miután a hajdúk elmentek, Eperjessy István, Kassa székesegyházának sekrestyése, a kápolna harangozója meghallotta István atya nyöszörgését, de a gyötrődő Pongrácz hiába kért tőle segítséget, mert a sekrestyés nem mert neki segíteni.
Ezért további 20 órai kínszenvedés után ő is meghalt.
Eperjessy nem merte elhagyni a házat, és mivel Hoffmann György tanácsos, akihez Pongrácz atya tanácsára fordulnia kellett volna, szintén a martalócok áldozata lett.
Rajner Menyhért, a városi bíró nem engedélyezte a kivégzett szerzetesek eltemetését, ezért egy kassai polgárasszony, özvegy Gadóczy Bálintné több úriasszonnyal együtt elment Rajner feleségéhez, és kérték, hasson a férjére, hogy a városi tanács engedje meg az áldozatok illő eltemetését, de a tanács csak annyit engedélyezett, hogy a holttesteket a verem szennyes részéből áthelyezhessék a verem egy szárazabb zugába.
Fél év múlva abban a házban, ahol a három jezsuita papot megkínozták, Bethlen Gábor és a királyi Magyarország képviselői béketárgyalásokat folytattak.
A tárgyalást díszlakomával zárták, ahol Bethlen Gábor felkérte táncolni Forgách Zsigmond nádor feleségét, Pálffy Katalin grófnőt.
A fejedelem kétszer is felkérte táncolni az asszonyt, de ő mindkét alkalommal visszautasította.
Bethlen, mivel szégyellte a kikosarazást, amikor harmadjára is felkérte a nemesasszonyt, azt ígérte, ha táncol vele, bármit is kér, azt teljesíti.
A grófnő erre azt kérte, hagy temesse el a három meggyilkolt szerzetest a birtokán. Bethlennek, mivel az ígéretét nyilvánosan tette, teljesítenie kellett azt, csak az volt a kikötése, hogy éjjel és csendben emeltesse ki a veremből a holttesteket.
Pálffy 1620-ban kiemeltette a holttesteket, megtisztíttatta, és vörös selyemkelmébe burkolva koporsóba fektette, és díszkocsin sebesi birtokára vitette a holttesteket.
A három szerzetes hamvait eleinte a Forgách birtokon fekvő sebesi templomban őrizték, ahonnan a maradványok a hertneki vár templomába kerültek. Pálffy Katalin 1635-ben közös ónkoporsóba helyeztette a csontokat,
és a lánya, Forgách Mária vezetése alatt álló nagyszombati klarisszák
- ferences női rend - zárdájának templomába vitette az ereklyéket. Egészen addig itt őrizték, mígnem 1782-ben II. József feloszlatatta a klarissza rendet.
Emiatt 1784-ben a nagyszombati Szent Orsolya-rendhez kerültek a mártírok földi maradványai, valamint a fejereklye.
Pázmány Péter esztergomi érsek már 1628-ban elindította a kassai vértanúk boldoggá avatását,
de ez csak 1905-ben történt meg, amikor Szent X. Piusz pápa január 15-én engedélyezte nyilvános tiszteletüket.
Szentté avatásukra 1995. július 2-án Kassán került sor II. János Pál pápa által.
A három vértanú ereklyéit az esztergomi bazilikában őrzik, a Szent kereszt-oltáron egy ezüstvázas tartóban, melyben korábban a Szent Jobbot őrizték. A Szent Kereszt-oltáron állították fel a vértanúk Kiss György szobrász által kifaragott szoborcsoportját is.
Mivel idén van mártírhaláluk 400. évfordulója, Bernard Bober kassai érsek-metropolita tavaly december 1-én emlékévet nyitott tiszteletükre „Megújulni a hűségben" mottóval, és amely most szeptember 7-én ér véget a kassai székesegyházban.
Az emlékévet Erdő Péter bíboros, esztergomi-budapesti érsek zárja szeptember 8-án a korábban a vértanúság helyén emelt jezsuita, ma premontrei Szentháromság-templomban.