A Windows Commandert fejlesztő C. Ghisler & Co. közlése szerint a termék nevében szereplő, de a Microsoft által védjegyként bejegyzett Windows szócska miatt kényszerültek a névváltoztatásra. A szoftveróriás jogi képviselői 2002. nyarán levélben keresték meg a fájlkezelő program készítőjét. A Microsoft ügyvédei levelükben azon aggodalmuknak adtak hangot, mely szerint a Windows szócska miatt a vásárlók összetéveszthetik a Ghisler & Co. alkalmazását a redmondi székhelyű szoftvergyártó termékeivel. Bár mindeddig semmiféle ellenlépésre nem került sor a Microsoft részéről, a Windows Commander fejlesztője a cég weblapján lévő információk szerint nem kívánt belemenni jogi csatározásba, ezért úgy döntött, Total Commanderre változtatja a népszerű fájlmenedzser program nevét.
Ennek megfelelően a Windows Commander legújabb változata már Total Commander 5.5 néven jelent meg. Az 5.5-ös verzió újdonságai közé tartozik többek között a részben letöltött ZIP állományokba való belenézés lehetősége, és a továbbfejlesztett FTP kliens. Külső pluginek segítségével az alkalmazás immáron Pocket PC-s és egyéb külső eszközök fájlrendszerét is tudja kezelni, valamint a beépített nézőkével immáron az RTF (Rich Text Format) szövegfájlokat is meg lehet nyitni.