Szupergép a heidelbergi rákkutatásban

Szuperszámítógépet használnak a heidelbergi Német Rákkutatási Központ adatközpontjában komplex bioszámítástechnikai célokra: a nemzetközi emberi genom projekt keretében géntérképünk felépítését és a fehérjék szerkezetét elemzik segítségével. A rendszert nemrég bővítették.

A Német Rákkutatási Központ (Deutsches Krebsforschungszentrum, DKFZ) a rák kialakulásának folyamatát vizsgálja, és a rosszindulatú folyamatokat beindító kockázati tényezőket keresi. A központban dolgozó tudósok tudományosan megalapozott új koncepciókat alakítanak ki a diagnosztika és a kezelés területén. Az IBM szuperszámítógép a DKFZ nagykapacitású adatközpontjában működik, különböző bioszámítástechnikai célokra használják. A részben belső fejlesztésű alkalmazásokkal például az emberi géntérképet elemzik, és szimulációkkal vizsgálják, hogy a különböző gyógyszerek mennyire hatásosak a rák ellen. Az IBM rendszer immár két eServer pSeries 690 szervert foglal magában, amelyek 64 POWER 4 processzort és további IBM POWER 3 processzorokat tartalmaznak, összteljesítménye 330 GFLOPS. Ez másodpercenként 330 milliárd műveletet jelent.

A DKFZ első IBM szuperszámítógépét már 1994-ben üzembe helyezték, négy éves lízingszerződések keretében pedig folyamatosan bővítették. A DKFZ kutatói nem nélkülözhetik a számítógépes kapacitás folyamatos növelését, mert egyre komplexebb szimulációkat végeznek, amelyek még ezeken a nagy teljesítményű rendszereken is több hétig eltarthatnak. A kutatók többek közt a Gaussian, a TurboMol, a Molpro és az Amber nevű programot használják. Ezek többek között a molekulák szerkezetét és mozgását szimulálják.