Sejtbiológiai fényképarchívumot létesítettek a kutatók számára

A világ vezető sejtbiológiai folyóirata, a Journal of Cell Biology (JCB) egy új szolgáltatást vezetett be a honlapján. Ennek célja, hogy megváltoztassa a kutatók eddigi gyakorlatát, ahogy az egyre növekvő méretű képállományt tárolják, megosztják, illetve kikeresik. A szoftveres alkalmazásba a kutatók feltölthetik nagyméretű képállományaikat, és a többi tudós, illetve érdeklődő laikus hozzáférhet ezekhez az anyagokhoz.

Osztódó sejt különleges festésű képe. Az éppen elváló kromoszómák kék színűek

A kutatók által különböző speciális jelölési és képalkotó eljárásokkal készített színes képek gyakran rendkívül látványosak, egyúttal azonban szélsőségesen összetettek. Világszerte hatalmas mennyiségű, a legkülönfélébb formátumú és sokszor igen értékes képanyagot készítenek. Ezek zöméhez azonban viszonylag kevesen férnek hozzá, mert a kutatók legtöbbször saját számítógépeiken tárolják azt, rosszabb esetben helyhiány miatt letörlik az állomány fölöslegesnek ítélt részét.

A decembertől működő JCB DataViewer használata megoldást kínál a problémára. A folyóirat szerkesztői arra kérik valamennyi cikkük szerzőjét, hogy a nyers (raw) formátumú képeiket - amelyek mérete néha terabájt nagyságrendű is lehet - töltsék föl az adatbázisba. A szoftver ezután lehetővé teszi mások számára a képek visszakeresését és kezelését az interneten.

Emma Hill, a folyóirat vezető szerkesztője szerint az adatbázisnak számos előnye van. A képeket készítő kutatóknak tárhelyet nyújt az óriási mennyiségű adat- és metaadathalmaz számára. Például a sejtosztódást az élő szövetekben vizsgáló egyetlen kísérletből sok száz kép származik, ahogy a mikroszkóppal a sejt mélyére "hatolnak" az idő múlása folyamán. Minden egyes képet különféle digitális módosításoknak vethetnek alá, hogy kiderítsék egy-egy jelölt protein helyét az adott pillanatban. Az újságban való közléshez azonban jellemzően csak pár képet küldenek be, és a nyers adatokat esetleg eldobják vagy olyan helyre teszik, ahol azután senki sem találja meg.

A JCB DataViewer készítői azt remélik, azzal, hogy a képek készítőin kívül mások is láthatják és alakíthatják ezeket az adatokat, segítik a lektorokat és a többi szakembert, hogy jobban elbírálhassák a munka minőségét. Az adatbázis lényege az átláthatóság és az integritás. "Lehetővé teszi számunkra, hogy saját szemünkkel láthassuk és ez alapján bírálhassuk el az eredeti adatokat" - mondja Jason Swedlow, a Dundee Egyetem mikroszkópos szakembere, számos technikai újítás kidolgozója. Swedlow és Hill abban bízik, hogy az adatbázis végül világ kutatóközösségének központi képarchívumává -mikroszkópos képek egyfajta "génbankjává" - növi ki magát.