A korabeli forrásokból ismert, hogy amikor IV. Béla harmincöt évnyi sorsfordító eseményekben gazdag uralkodása után 1270. május 3-án meghalt, a holttestét nem a magyar uralkodók tradicionális temetkezési helyén, a székesfehérvári Nagyboldogasszony-bazilika királyi kriptájában, hanem az általa emelt, illetve újjáépített esztergomi ferences Segítő Szűz-bazilikában helyezték örök nyugalomra.
A templom, ami az Esztergomban 1230 körül letelepedett ferencesek rendházához tartozott, a mongol betörés idején, 1242-ben súlyosan megsérült. (Az Assisi Szent Ferenc által alapított ferences rendnek az esztergomi monostor volt az első magyarországi rendháza.)
A tatárjárás után Béla újjáépíttette a kolostort, és a Segítő Szűznek szentelt templomot is.
A királyt a halála után a bazilika főoltára előtt tették sírba, ugyanott, ahol 1269-ben szeretett kisebb fiát, Béla herceget, valamint az 1270. július 16-án Budán elhunyt feleségét, Laszkarisz Mária királynét is eltemették.
IV. Béla "öröknek" szánt nyugalma azonban nem tartott sokáig,
mivel Fülöp esztergomi érsek kihantoltatta, és a Szent Adalbert-templomba vitette át a király tetemét.
A ferencesek azonban nem hagyták annyiban az érsek kegyeletsértő intézkedését, így Béla nyughelyéről akárcsak az apja, II. András esetében is, perrel döntöttek.
A Rómában lefolytatott processzus a ferencesek javára dőlt el, akik pápai engedéllyel a Segítő Szűz-bazilikába vitték vissza és temették újra IV. Béla király hamvait. A vörös márványból faragott síremlék a főoltár előtt állt, amiről a Képes Krónika, valamint Jan Dlugoss és Antonio Bonfini krónikája is megemlékezik.
1543-ban, miután Szulejmán szultán elfoglalta Esztergomot, a Várhegyen álló egykori királyi palotát a törökök erőddé alakították át, a keresztény templomokat pedig vagy dzsámiként, vagy raktárként használták.
A tizenöt éves háború idején Esztergom szinte teljesen elpusztult a város 1595-ös ostroma során.
Amikor száz évvel később, a 17. század végi visszafoglaló háborúk idején Esztergom is felszabadult, a város középkori templomainak legnagyobb része már teljesen megsemmisült.
A ferencesek az 1690-es évekbe visszatértek Esztergomba, de már ők sem tudták azonosítani a régi rendházuk és apátsági templomuk egykori helyszínét. IV. Béla impozáns bazilikájának így szó szerint nyoma veszett.
A 18. század híres polihisztora, Bél Mátyás máig ható tudományos jelentőségű monográfiájában, a Notitia Hungariae novae historico-geographica című 1735 és 1742 között kiadott munkájában jegyezte fel azt a hagyományt, miszerint a királysírt őrző középkori bazilika az 1699-ben épült Szent Péter és Pál-plébániatemplom helyén állt. Bél Mátyás szerint a bazilika olyan monumentális méretű volt, hogy a helyére épített Szent Péter és Pál-plébániatemplom szinte eltörpült a középkori székesegyház mellett.
A királyi bazilika helyével kapcsolatos hagyományt először Horváth István, a város történetének egyik legkiválóbb régész-kutatója kérdőjelezte meg a 20. század végén. Horváth szerint a középkori apátsági bazilika a barokk kori és ma is működő ferences kolostor helyén állhatott. 1961 nyarán négy hatalmas méretű mívesen faragott követ találtak a Jókai utcában csatornaépítés közben, amelyek vagy egy oszlopfő, vagy pedig egy ablakkeret maradványai lehettek.
Prokopp Gyula levéltáros Béla királyról írt tanulmányában ezeket a díszesen faragott kőmaradványokat egyértelműen a 13. századi ferences monostori templom maradványaiként azonosította. 1979-ben szintén a Jókai utcában (a Jókai u. 12. szám alatt) középkori kőfalakat és épületomladékot tártak fel, ami azért is számít fontos nyomnak, mivel a mai Jókai utca páros oldalán csak 1735-től kezdtek el lakóházakat építeni. Mindezek rendkívül fontos nyomok voltak ugyan, de a nagy rejtély, vagyis hogy hol állhatott a királysírt őrző bazilika, egészen mostanáig megválaszolatlan kérdés maradt.
Idén márciusban a Magyar Nemzeti Múzeum főigazgatója, L. Simon László elrendelte az esztergomi Jókai utca egyes szakaszainak és környékének a legkorszerűbb technológia bevetésével való vizsgálatát, hogy megbizonyosodjanak arról,
valóban itt állhatott-e a hódoltság idején elpusztult Segítő Szűz-bazilika.
A rendelkezés arra is kiterjedt, hogy a kutatás során próbálják meg beazonosítani IV. Béla király és családtagjai temetkezési helyét. A Gombkötő Csaba irányításával végzett kutatómunkába a IV. Béla Kegyeleti Bizottság, majd a Sicambria-Óbuda Piliskutató Csoport szakemberei is bekapcsolódtak.
A korabeli feljegyzések és egyéb dokumentumok, valamint a környékről előkerült régészeti leletanyag alapján a talajradarral elvégzett vizsgálatok most már lehetővé tették az eddig elveszettnek hitt királyi bazilika alapjainak pontos meghatározását.
A mérések azt mutatják, hogy a főhajó déli részének alapjai még mindig épen rejtőznek a föld alatt,
és valószínű, ugyanez igaz az északi oldalra is, csak itt egyelőre még nem tudtak alaposabb vizsgálatokat végezni a terület beépítettsége miatt. A bazilika így kirajzolódó hatalmas méretei még a kutatókat is megdöbbentették, ami majdnem akkora, mint a regensburgi Szent Péter-katedrális.
A pontos tájolásból az is kiderült, hogy a jelenleg is álló barokk korú Szent Anna ferences templomnak a középkori bazilika főhajójának síkjával bezárt furcsa szögvonalát meghosszabbítva, az - a Jókai utcát érintve - pontosan oda mutat, ahol a IV. Béla Kegyeleti Bizottság szakértői szerint a középkori bazilika többszögletű tornya állhatott, közvetlenül a királysír közelében.
A terepi kutatás mellett elvégzett adatgyűjtés során akadt egy fontos tanú is, Horváth Csaba mérnök-közgazdász, aki elmondta, hogy nagyapja 1919-ben megvásárolta a Jókai u. 7. szám alatti ingatlant, amelyen egy csizmadiaműhelyt akart felépíteni az istálló helyén. A földmunkák során három díszes márványszarkofág került elő, de mivel ezek nem akadályozták az alapozást, inkább visszatemették őket.
A korabeli régészeti hatóságnál valószínűleg szándékosan nem tettek bejelentést a felfedezésről, nehogy meghiúsuljon emiatt az építkezés.
A visszatemetett szarkofágok helyén jelenleg a Jókai u. 9. szám alatti ház szaunája áll.
Noha az udvarral érintett ingatlant már 1978-ban régészetileg különösen védett területnek minősítették, eddig még nem kezdték el a terület feltárását. A műholdas felvételek és talajradar-vizsgálatok átfedéseiből egyértelműen sikerült meghatározni az egykori királyi bazilika alapvonalát a Jókai és a Deák utca közé eső területen. Minden jel arra mutat, hogy maga a királysír a Jókai utca 9. szám alatti udvaron rejtőzhet. A további komoly felfedezéssel kecsegtető feltárást a Miniszterelnöki Kabinetiroda utasítására a Kulturális és Innovációs Minisztérium fogja koordinálni a továbbiakban.