Az államfői tisztséget 2014 és 2022 januárja között betöltő Hernándeznek a vádak szerint része volt abban, hogy hivatali ideje alatt több tonna kokain érkezett Hondurasba légi és tengeri úton Kolumbiából és Venezuelából.
Köze lehetett ahhoz is, hogy az Egyesült Államokba mintegy 500 tonna kokaint szállítottak Hondurasból.
Az 53 éves Hernández testvérét, Juan Antonio "Tony"' Hernándezt, aki hondurasi kongresszusi képviselő is volt, egy évvel ezelőtt az Egyesült Államokban már bűnösnek találták kábítószer- és fegyverkereskedelemben, és életfogytiglani börtönbüntetésre ítélték.
Juan Orlando Hernández tagadta az ellene felhozott vádakat,
és azt mondta, hogy összeesküvés áldozata lett. Családja a hétfői döntés bejelentése után közleményt adott ki, amelyben megerősítették ezt a meggyőződésüket, hozzátéve, hogy az összeesküvést azok a hondurasi kábítószer-kereskedők szervezték, akiknek a "birodalmát" Hernández elnökként tönkretette. A család leszögezte: bízik abban, hogy ezt az amerikai igazságszolgáltatásnak is be tudják bizonyítani.
Hernández február közepe óta rendőrségi őrizetben van.