A pályán pedig továbbra is fantasztikus teljesítményt nyújtott: a következő idényben növelte góljainak számát, ezúttal 26-ig jutott, amivel gólkirály lett, és a Barca megint bajnok lett. Ráadásul a katalán egyesülettel a Bajnokok Ligáját is megnyerte, és az Arsenal elleni döntőben is remekelt: az első félidőben buktatása miatt kiállították az Ágyúsok kapusát, Jens Lehmannt, a második félidőben pedig ő egyenlített.
Ekkor viszont a válogatottban akadtak problémái. A csapat drámai körülmények között elbukta a 2006-os világbajnokság selejtezőit: az utolsó találkozón, Egyiptom ellen az utolsó percben a kameruniak tizenegyeshez jutottak, Eto'o azonban nem vállalta a büntető elvégzését, Pierre Womé pedig a kapufát találta telibe. A tizenegyesekkel később sem volt szerencséje, a 2006-os ANK-n, az Elefántcsontpart elleni maratoni büntetőpárbajban hiába rúgta be az első próbálkozását, megint sorra került, és akkor már hibázott - Kamerun pedig kiesett.
A 2006-2007-es idény sem kezdődött valami jól a számára, elvégre szeptemberben a Werder Bremen elleni BL-mérkőzésen térdsérülést szenvedett, és fél évet ki kellett hagynia. Csak 2007 januárjában kezdhette az edzéseket, de visszatérése nem volt zökkenőmentes. Amikor februárban, a Racing Santander elleni bajnokin Frank Rijkaard be akarta cserélni, nem volt hajlandó beállni, amit hosszas magyarázkodás követett. Egy hétre rá, a Valencia ellen az utolsó hat percre kapott játéklehetőséget.
Aztán hamarosan ismét kezdő lett, és végül 11 góllal zárta az idényt, ám a következő szezon előtt, a felkészülési időszakban megint hosszabb időre kidőlt a sorból. Időközben megkapta a spanyol állampolgárságot, decemberben pedig ismét bajnokit játszhatott. Az év elején megint nem állt a Barca rendelkezésére, mégpedig az ANK miatt.