"Az üzlet után ösztönösen a politika kötötte le gondolataimat. Mint a szerelemben: mással jársz, de zuhanyzás közben már önkéntelenül is a másikra gondolsz" - mondta Gyurcsány arról, hogyan lett ismét politikus. "Az üzleti életben már elértem, amit akartam. Megcsináltam magam, láttam, hogy ez működik. Amikor ezt láttam, akkor meguntam."
Visszatérését a politikába cikkekkel készítette elő: 1999-től "Gyurcsány Ferenc közgazdász" aláírással cikkeket jelentetett meg a Népszabadságban. Új programot és ami leginkább vitát gerjesztett, személyi változásokat ajánlott a szocialistáknak. Ellentéte Kovács László pártelnökkel erre az időszakra nyúlik vissza.
Fontos színterei voltak politikai szerepvállalásának a vacsorák. 2000-től kezdve rendszeresen eljárt "MSZP közeli értelmiségiek és politikusok" látogatta vacsorákra. Ezek az informális találkozók sokat számítottak az MSZP kampányának előkészítésekor. "Ezeken a vacsorákon érezni lehetett, hogy Feri talán vissza akar térni a politikába. Nagyon érdekelte" - mondta erről a korszakról a vacsorák egy másik állandó résztvevője.
Gyurcsány a Népszabadságnak küldött írásaiban Tony Blair brit miniszterelnök és Gerhard Schröder német kancellár "új baloldal" szlogennel ismertté vált politikájának átvételére bíztatta a szocialistákat. Lefordíttatta és megjelentette e politika elméleti alapjának számító könyvet, Anthony Giddens A harmadik út című kötetét.
A legkomolyabb MSZP-s vitát keltő cikke 2001 március végén jelent meg. Ebben többek között ezeket írja: "A tagság és a véleményformáló pártértelmiség jelentős része egyre kevésbé hiszi el, hogy az MSZP vezetése változatlan működéssel és személyi összetétellel alkalmas a választások megnyerésére." Gyurcsány azt javasolta, hogy a párt álljon ki az akkor még csak miniszterelnök-jelölt aspiráns Medgyessy Péter mellett, ugyanakkor jelezte, hogy Medgyessynek együtt kell működnie a párttal. Sőt, Németh Miklóst is felsorolta azok között, akikre szüksége van a pártnak. A harmadik, akkor még elvben esélyes Kovács László nevét viszont egyszer sem írta a le a cikkben, melyben viszont többször is utalt elodázhatatlan személyi változásokra. A 2003 eleji pártkongresszusra készülve egy interjúban már így fogalmazott: "Véget ért a Kovács-korszak az MSZP-ben, 2001 óta Medgyessy-Kovács korszak van."
Azt is tanácsolta, hogy változtassa meg kommunikációját és programját is a párt. "Nem szabad félni a nemzet, család, erős állam fogalmaktól" - írta. Szerinte a párt programját balra, kommunikációjának hangsúlyait viszont kicsit jobbra, ahogy írta, "a közép felé" kellene tolni.
A köztársasági eszme hangoztatása az ő támogatásával lett hangsúlyos a párt politikájában. A minisztériumban munkatársai kajánul idézték egy visszatérő szólamát: "köztársaság van, ezt kell építeni".