Vieira tehát világbajnokként tért vissza Angliába, ahol természetesen továbbra is kihagyhatatlan volt az Arsenalból: mindössze öt bajnokiról hiányzott, zömmel eltiltás miatt. Már akkor is jellemző volt ugyanis a középpályásra, hogy nem megy a szomszédba egy kis keménységért, sőt nemritkán át is lépi a férfias küzdelem és a brutalitás között húzódó igencsak vékony határvonalat. Igaz, ebbe az is belejátszott, hogy az angol játékvezetők neki, a külföldinek sokkal kevesebbet engedtek meg, mint a hazai játékosoknak; egy olyan belépőért, amit egy britnek le sem fújtak, a francia már kapta is a sárga lapot.
Sokak szerint ez is belejátszott abba, hogy drámai hajrában végül a Manchester United nyerte meg a bajnokságot az Arsenal előtt (éppúgy egyetlen pont volt a különbség a két csapat között, mint egy évvel korábban, csak ezúttal Alex Ferguson fiai javára). A Vörös Ördögök erejét jelzi, hogy később az FA-kupát és a Bajnokok Ligáját is megnyerték, így az Ágyúsok nem lehettek elégedetlenek az ezüstéremmel.
Az 1999-2000-es szezonban egyértelműen a bajnoki cím visszaszerzése és a Bajnokok Ligájában is legalább a négy közé jutás volt az elvárás az immár Thierry Henryval is megerősített Arsenaltól, de a csapat mindkét fronton hamar elbukott: a bajnokságban tetemes hátrányt szedett össze a manchesteriekkel szemben, a BL-ben pedig már a csoportból sem sikerült továbbjutnia. Igaz, az FC Barcelona és a Fiorentina mögött a harmadik helyet megszerezték Vieiráék a kvartettben, azaz tavasszal legalább az UEFA-kupában folytathatták.
A második számú európai kupasorozatban aztán remekelt a Wenger-gárda: a francia FC Nantes és a spanyol RC Deportivo ellen egyaránt 6-3-as, a német Werder Bremen ellen pedig 6-2-es összesítéssel jutott tovább, és máris az elődöntőben találta magát, ahol egy másik francia csapat, az RC Lens volt az ellenfél. A szokásos gólzápor ezúttal elmaradt, de a továbbjutás nem: a londoniak kettős győzelemmel kerültek be a döntőbe, ahol egyértelmű esélyesnek számítottak a török Galatasaray SK ellen.
A koppenhágai Parken stadionban természetesen Vieira is ott volt a kezdő csapatban, mi több, végig is játszotta a 120 percet, amely során nem született gól, így büntetők döntöttek a kupa sorsáról. Vieira, aki saját bevallása szerint nem szeret tizenegyest rúgni, ezúttal odaállt a labda mögé, de meg is bánta döntését: lövése a kapufáról pattant vissza, és mivel rajta kívül a horvát Davor Suker is elhibázta a maga kísérletét, nagy meglepetésre a törököké lett a trófea.
Nem sok ideje volt a szomorkodásra Vieirának és (honfi)társainak, ugyanis néhány héttel az UEFA-kupa-döntő után kezdődött Belgiumban és Hollandiában az Európa-bajnokság, ahová a franciák világbajnokként, tehát egyértelmű esélyesként utaztak (annak ellenére is, hogy korábban a futball történetében még egyetlen világbajnok sem tudta megnyerni a vb utáni első Európa-bajnokságot).